Atualmente, o BPOM alinha as práticas regulatórias com padrões e diretrizes internacionais reconhecidos, como a Série de Relatórios Técnicos da OMS (TRS), o Conselho Internacional de Harmonização (ICH), as diretrizes da ASEAN, a Farmacopeia Europeia (Ph. Eur.), a Farmacopeia dos Estados Unidos (USP) e a Farmacopeia da Indonésia edição VI.